Fjorde og de indre farvande
Miljøtilstanden i fjordene og de indre farvande langs kysterne er ikke god og lever ikke op til målsætningen i vandområdeplanerne om god økologisk tilstand.
Udledning af for store koncentrationer af næringsstoffer er en trussel mod fjordene og de indre farvande. En stor del af udvaskningen kommer fra landbruget samt overløb af spildevand. Næringsstoffer fra landbruget kommer både fra fordampning af ammoniak fra staldanlæg og fra gødskning af afgrøderne, hvor overskud af kvælstoffet tilføres gennem vandløb. Store koncentrationer af næringsstoffer medfører en unaturlig stor opblomstring af plankton i vandsøjlen i fjordene og i de indre farvande langs kysterne.
Den øgede vækst af alger gør vandet uklart og skygger for de fastsiddende alger, tang og blomsterplanter, der dør. De medfører en øget tilførsel af organisk stof til bunden, som ved bakteriel nedbrydning giver øget forbrug af ilt, og kan resultere i meget lave koncentrationer af ilt i bunden og de nederste vandlag. I sidste ende forårsager det iltsvind i fjordene og langs kysterne. Iltsvind ses oftest i sommerperioden, hvor der er favorable forhold for algeopblomstring ved høje koncentrationer af næringsstoffer kombineret med lysere dage, højere temperaturer og mindre vind. Iltsvindet betyder, at planter og dyr på bunden dør, hvilket fjerner fødegrundlaget for fisk og fugle. Når iltindholdet stiger igen, vil de nye dyre- og plantesamfund, der opstår, have færre arter og dermed være mindre mangfoldige end før iltsvindet.
Ålegræsset på sandbunden nær kysterne og i fjordene er forsvundet mange steder, fordi lyset ikke kan trænge ned til bunden pga. det uklare vand fra algeopblomstringen. Ålegræs er levested for et meget rigt dyreliv med bl.a. krabber, snegle, muslinger og fisk. Ålegræsbedene betyder meget for fiskeynglen, der får føde og beskyttelse her. Ålegræs er samtidig føde for mange af havets fugle som svaner, pibeænder og gråænder
Udledning af forurenet og næringsrigt vand bidrager til ophobning af mudder på bunden med høje koncentrationer af miljøfremmede stoffer og næringsstoffer. Det ødelægger levestederne for bunddyr og planter, og de miljøfremmede stoffer ophober sig i dyr, hvilket nedsætter deres evne til at formere sig.
Mange stenrev er op gennem tiderne blevet fisket op fra havbunden, og stenene er blevet brugt til kystsikring og havnemoler. Således er der blevet mangel på leve- , vokse- og skjulesteder for både dyr og planter. Tang og andre planter gror på stenrev, hvilket giver skjule- og levested for et meget artsrigt dyreliv af muslinger, snegle, søpindsvin, søanemoner: Mange forskellige fisk søger føde eller beskyttelse i stenrevenes tangskove. Tangskove er desuden vigtige opvækstområder for fiskeyngel, som kan finde både skjul og føde her. Stenrev med huler er tillige et godt levested for den europæiske hummer.
Menneskelig forstyrrelse som f.eks. sejlads, støj fra skibe, badegæster, jagt og fiskeri eller kondiløb, kan være en trussel mod kolonirugende vandfugle langs kysten i ynglesæsonen.
Muslingeskrab der skraber bunden ud for østkysten, har formodentlig en negativ påvirkning af tilstanden i fjordene og de indre farvande. Muslingeskrab skader bunddyrenes levesteder, når havbunden skrabes, så den bliver mere ensartet. Med færre bunddyr, bliver der for lidt føde til de større fisk.
Havbrug med produktion af fisk påvirker formodentlig tilstanden helt ind i fjordene og de indre farvande ved udledning af kvælstof og fosfor, fra foderspild og ekskrementer, samt ved udledning af antibegroningsmidlet kobber og medicinrester.
Forurening med forskellige miljøgifte, olieforurening og forurening med plastik og andet affald, der kan ende i maverne på dyr, er også en alvorlig trussel.
Opvarmning af havvandet i forbindelse med klimaforandringer har indflydelse på biodiversiteten i fjordene og de indre farvande.
De store populationer af krabber i fjordene og de indre farvande langs kysterne er formenligt et resultat af et økosystem, der ikke længere er i balance.
Kystnatur
Tilgroning med invasive arter som rynket rose og engelsk vadegræs udgør en trussel mod kystnære beskyttede naturtyper. Læs mere under afsnittet "Invasive arter".
Manglende græsning på strandenge og strandoverdrev forringer tilstanden af disse. Læs mere under afsnittet "Trusler mod beskyttet natur".
Pleje af de grønne arealer ud til kysten i sommerhusområderne, med intensiv slåning og tilplantning med haveplanter eller invasive arter som rynket rose, ændrer den naturlige vegetation.
Havne
Vedligeholdelse af skibe i havne med giftigt bundmaling har medført at giften TBT (tribulytin) har forurenet havne, fjorde og kysten. Det toksiske stof samt andre organiske miljøgifte og tungmetaller udledt fra industrien er blevet målt i flere led i fødekæden i både mikroorganismer, planter, fisk, fugle, sæler og marsvin. Stofferne kan i mange tilfalde være hormonforstyrrende og påvirke reproduktion negativt. Danmark har udfaset brugen af TBT i skibsmaling til fordel for kemikalier, der er mindre giftige, men også mindre effektive til at forhindre tilgroning med alger, rurer og muslinger på skibe.
Opgravning af havneslam kan føre til frigivelse af giftstoffer og næringsstoffer fra sediment.
Udformning af havnekaje har også betydning for biodiversiteten, hvor havnekaje med lige betonflader resulterer i dårlige skjul og levesteder for dyr og planter, og derved foringer biodiversiteten.