De indre farvande påvirkes af øget næringsstofbelastning og dermed øget tilgroning og øget iltsvind, som følge af øget nedbør og ændret nedbørsmønster.
Lavvandede kyster, strandenge og ådale påvirkes af øget erosion og oversvømmelse, som følge af vandstandsstigninger, øget nedbør og ændret nedbørsmønster.
Vandløb bliver påvirket af de længere perioder med varme, tørke og kraftigere regnskyl. Lange perioder med varme og tørke får jorden til at danne en hård skorpe med minimal mulighed for nedsivning. Når det regner løber overfladevandet således hurtigt ned i vandløbene og får en ”spulende” effekt i vandløb, der medfører erosion af bund og brinker. Sandet lægger sig i et tykt lag på bunden. Det ødelægger mange levesteder for fisk og smådyr, og sandet kvæler ørred-æggene i gydebankerne. Når temperaturen i vandløbene bliver højere om sommeren, påvirker det arter, som kræver køligt vand. Risikoen for længerevarende tørkeperioder og udtørring af de mindre vandløb stiger, hvilket kan udslette alt liv i vandløbet.
Lange perioder med varme og tørke vil også have negativ påvirkning af andre naturområder, som f.eks. moser og våde enge, hvor udtørring er uhensigtsmæssigt. Områderne vil blive mere tørre, og i yderste konsekvens vil planter visne og dyr dø. På enge med naturpleje i form af afgræsning med dyr, er der ofte lavet aftaler om, at dyrene ikke må tilskudsfodres. Ved en lang sommer med varme og tørke, hvor planterne visner, kan det medføre, at dyrene ikke har nok mad, som vi så i 2018.
Planternes vækstperiode er blevet forlænget, som følge af temperaturstigning, og man har kunnet iagttage, hvordan mange fænomener såsom løvspring, blomstring og ynglefuglenes ankomst bliver tidligere.