Vandløb i det åbne land
Tidligere slyngede vandløb sig gennem landskaberne, og de tilbagevendende oversvømmelser i ådalene skabte frodige enge, der var en vigtig ressource i datidens landbrugsdrift til næringsberigelse af enge, når de løb over deres bredder i ådalene i vintermånederne.
Siden hen er vandløb blevet rettet ud og uddybet, for at sikre en effektiv afvanding af landbrugsarealer og skovbrug. Det har medført, at ådalen er blevet adskilt fra vandløbet, så de vandløbsnære arealer, hvor vandløbet tidligere løb over sine bredder, kunne drænes og inddrages til intensiv dyrkning. Som resultat sendes vandet i vandløbet hurtigere nedstrøms og oversvømmelserne vil i stedet foregå længere nede i vandløbssystemet.
Udretning og uddybning af vandløb har resulteret i mangel på fysisk variation. Derved er mange biotoper, der var levesteder for en lang række arter, fjernet. Ud over udretning og uddybning af vandløb har rørlægning af vandløb også betydet et stort tab i biodiversitet.
Dyrkning helt tæt på vandløbene giver problemer med nedbrydning af brinkerne, udvaskning af næringsstoffer fra overfladen, sand, silt, lerpartikler og okker. Alle disse forhold fører til tab af levesteder for dyr og planter.
Materialevandring med sand fra oplandet og erosion af brinker, lægger sig på bunden og dækker sten og grus, hvilket ødelægger yngle- og levesteder for fisk og smådyr.
Oprensning af vandløbsbund og brinker samt fjernelse af sten, grus, planter og grene medfører, at de fysiske forhold i vandløb bliver mere ensartede. Derved forringes føde- og levestederne for fisk, smådyr og planter.
Vedligeholdelse af vandløb med grødeskæring fjerner plantevæksten for en kort periode, hvor afvandingen fremmes. Grødeskæring fremmer væksten af dominerende arter som pindsvineknop og tagrør, der igen foringer afvandingen.
Vandløb modtager en blanding af vand fra øvre og nedre grundvandsmagasin, sidevandløb, grøfter, drænvand, kloakeret spildevand og regnvand, vejvand og overfladevand fra opland med marker og befæstede arealer. I perioder med meget regn, med kraftig afstrømning over kort tid, bliver udledningen meget højere end den naturlige afstrømning, og en høj hydraulisk belastning af vandløbet. Det ødelægger de fysiske forhold i vandløbet og mindsker muligheden for at opnå et alsidigt dyre- og planteliv.
Næringsstoffer og sprøjtemidler fra landbrug, overløb af spildevand fra bebyggelse og tilledning af vejvand, kan medføre forurening med hhv. miljøfremmede stoffer, sprøjtemidler, næringsstoffer og organisk materiale. Det giver en dårlig vandkvalitet i vandløbene med reducerede iltforhold, hvilket er fatalt for vandløbenes mest iltkrævende fisk, smådyr og planter.
Spærringer, både rørlagte vandløbsstrækninger, søer og fysiske spærringer som sluser og møllehjul, forhindrer fisk i at passere. Spærringer har en negativ effekt på biodiversiteten.
Ændringer i klimaet medfører om sommeren længerevarende perioder med opvarmning af vandet samt udtørring af vandløb, hvilket er fatalt for livet i heri. Tilsvarende medfører ændringer i klimaet perioder med oversvømmelse af vandløb i den resterende del af året, hvor vandløb i korte perioder skal kunne rumme større mængder vand. Det øger erosion af bund og brinker, hvor den øgede materialevandring lægger sig på bunden og ødelægger mange levesteder for smådyr samt kvæler fiskenes æg, der er lagt i gydebanker.
Vandløb i byerne
I byerne er vandløb ofte udrettede og fikserede med beton eller lagt i rør. De urbane vandløb er som udgangspunkt dårligere levesteder for dyr og planter. Men de kan fungere godt som passage for fisk og smådyr, der søger til andre vandløbsstrækninger uden for byerne, hvor der er gode levebetingelser. Vandløb i byerne har stor rekreativ betydning for borgerne.
Vandløb i byerne bliver en udfordring, når de ved kraftig regn går over deres bredder og forårsager uønskede oversvømmelser af de vandløbsnære arealer, som i byerne ofte er haver, huse og veje.
Nye veje og byudvikling medfører flere befæstede arealer, der vil afgive større mængder vand på kortere tid (hydraulisk belastning), hvis vandet ikke forsinkes inden udledning til vandløb. Ved forsinkelse af regnvand er det vigtigt at det opsamlede vand bliver renset og nedkølet, inden det udledes til vandløb. Vandløbsdyr påvirkes negativt ved tilledning af forurenet og opvarmet vand.