De indre farvande påvirkes af øget næringsstofbelastning og dermed øget tilgroning og øget iltsvind som følge af øget nedbør og ændret nedbørsmønster.
Lavvandede kyster, strandenge og ådale påvirkes af øget erosion og oversvømmelse som følge af vandstandsstigninger, øget nedbør og ændret nedbørsmønster.
Vandløb bliver påvirket af de længere perioder med varme, tørke og de kraftigere regnskyl. Lange perioder med varme og tørke har den effekt på jorden at den danner en hård skorpe med minimal mulighed for nedsivning. Når det regner løber overfaldevandet således hurtigt ned i vandløbene og får en ”spulende” effekt i vandløb, der medfører erosion af bund og brinker. Sandet lægger sig i et tykt lag på bunden. Det ødelægger mange levesteder for fisk og smådyr og sandet kvæler æggene i gydebankerne fra ørreder.
Når temperaturen i vandløbene bliver højere om sommeren, påvirker det arter, som kræver køligt vand. Risikoen for længerevarende tørkeperioder stiger ligeledes med udtørring af de mindre vandløb til følge, hvilket kan udslette alt liv i vandløbet.
Lange perioder med varme og tørke vil også have negativ påvirkning andre naturområder, hvor udtørring er uhensigtsmæssigt som moser og våde enge. Områderne vil blive mere tørre og i yderste konsekvens vil planter visne og dyr dø. På enge med naturpleje i form af afgræsning med dyr er der ofte lavet aftaler om at dyrene ikke må tilskudsfodres. Hvis der forekommer en lang sommer med varme og tørke, hvor planterne visner, kan det medføre at dyrene ikke har nok mad, som vi så i 2018.
Planternes vækstperiode er blevet forlænget som følge af temperaturstigning og man har kunnet iagttage, hvordan mange fænomener såsom løvspring, blomstring og ynglefuglenes ankomst bliver tidligere.