Mange års overudnyttelse af skovene resulterede i, at der i begyndelsen af 1800-tallet kun var meget få procent skovdækket areal tilbage i Danmark og skovens ressource var ved at være udtømt. Med Fredskovs-forordningen fra 1805 blev den eksisterende skov sikret. Siden den første skovtælling i 1881 har skovarealerne været stigende. Alligevel har en vurdering af danske skoves biodiversitet i 2010 vist, at der er tilbagegang i biodiversiteten, herunder de sjældne arter, der stiller større krav til levesteder. Skovloven sikrer at fredskovsarealer bevares som skov, men ikke skovenes biodiversitet. Skovnatur er derfor væsentligt ringere beskyttet end natur i det åbne land beskyttet efter naturbeskyttelseslovens § 3.
Biodiversiteten i produktionsskovene er begrænset af, at den traditionelle skovdrift ændrer tilstanden ift. oprindelige, urørte og naturlige skove. De enkelte skovarealer er typisk meget ensartede og målet er at skabe lange lige stammer uden for mange sidegrene, der kan knække af og svække hovedstammen. Mange danske skovområder er kunstigt afvandede via grøftesystemer og der mangler oversvømmelser, som også kan medvirke til at skabe dødt ved. Udelukkelsen af græssende pattedyr fra produktionsskoven forhindrer, at træer udvikler veterankarakterer tidligt i væksten, fordi de græssende dyr har gnavet i barken og fejet eller kløet sig op af træet. Syge og svækkede træer, vindfældede træer og opvoksende underskov fjernes oftest. Derfor er der stor mangel på gamle træer, veterantræer og dødt ved, skovlysninger og sumpe i produktionsskove.
Disse forhold betyder, at antallet af forskelligartede levesteder i skovene er meget lavere end i en naturlig uforstyrret skov med dens naturlige variation og dynamik. Der er tilbagegang blandt biller, som lever i dødt ved, blandt dagsommerfugle, som lever i skovenge og lysninger, og blandt laver, som vokser på træernes stammer. Laverne foretrækker gamle, langsomt voksende træer, og de kræver lys og høj luftfugtighed.