Fælles for de lysåbne beskyttede naturområder som heder, overdrev, ferske enge, strandenge og moser er, at de op i gennem tiden været i tilbagegang, både hvad angår areal og naturværdi. Det vurderes, at naturværdien fortsat er faldende, og at de eksisterende naturområder er presset af anden udnyttelse af områderne.
Plads skaber robust natur med gode overlevelsesmuligheder, og mangel på plads er den største trussel mod naturen i dag.
Ved den stadig mere intensiv udnyttelse af landet i forbindelse med at byerne bliver større, vejnettet udvikles og landbruget intensiveres, er mange naturområder og levesteder forsvundet eller blevet reduceret, og der er sket en stadig større fragmentering til usammenhængende og isolerede naturområder. Små eller isolerede naturområder har en stor randpåvirkning, fordi en stor del af det samlede areal ligger i randen med kontakt til de ydre omgivelser. En stor randpåvirkning kan have en negativ virkning, hvis de ydre påvirkninger er kvælstof fra marker eller overløb fra spildevand, salt fra veje eller andet der kan påvirke området. For at mindske randpåvirkningen, er det vigtigt med store sammenhængende naturområder.
Belastning med næringsstoffer samt ophør af historiske driftsformer som græsning, høslæt og afbrænding accelererer tilgroningen af naturområderne så små, specialiserede og nøjsomme plantearter udkonkurreres af få, store og hurtigtvoksende planter, træer og buske. Områderne bliver mere ensartede og det er ikke blot levestederne for de lavtvoksende lyskrævende planter, der forsvinder, men også de tilknyttede dyr. Ved fraværet af græssende dyr forsvinder også et vigtigt fødegrundlag for mange organismer, da den møg som dyrene afsætter, er levested for svampe, mosser og mere end 200 forskellige insekter, der fungerer som mad for rovinsekter, fugle og pattedyr.
Unaturlig hydrologi skabt ved dræning og grøftning samt regulering af vandløb har tørlagt eller reducereret mange naturlige vådområder ,og dermed reduceret variationen af levesteder.
Forstyrrelser i sårbare naturområder som f.eks. støj og færdsel ved den rekreative udnyttelse kan true sårbare arter som rugende vandfugle, ynglende rovfugle, flagermus, oddere, sæler og marsvin.
Invasive arter udgør i stigende omfang en trussel mod biodiversiteten. Dominans af ikke-hjemmehørende invasive arter kan helt eller delvist udkonkurrere de hjemmehørende arter i et område.
En relativ ny trussel er klimaforandringer, der giver anledning til vandstandsstigninger og ændrer de økologiske forhold, hvilket påvirker arternes udbredelse.