Udviklingen af landbruget mod et mere effektivt, højproduktivt og moderniseret landbrug, har over flere årtider gradvist ændret vores landskab og natur. Stejle og fugtige områder der tidligere blev drevet ekstensivt til gavn for naturen, er blevet inddraget til intensiv landbrug. Større landbrugsbedrifter og større landbrugmaskiner har medført, at små marker er slået sammen til endnu større dyrkede flader med produktion af ensartede afgrøder. Småbiotoper som levende hegn, markskel og markveje, er svundet betydeligt ind. Flere vandhuller er drænet væk eller påvirket af for store mængder næring. Der dyrkes tættere på veje, grøfter, diger, vandløb og levende hegn. Det har resulteret i, at der er mindre plads til naturen. Mindre plads til naturen skaber et øget pres på naturen og alle dens arter af planter, dyr og svampe.
Tidligere var landbrugsdriften mere ekstensiv med driftsformer som græssende husdyr og høslet. I dag er de fleste husdyr kommet på stald, og græsning bliver ikke længere anvendt i samme omfang som tidligere. I forbindelse med ændring af landbrugsdriften, hvor der er mindre forekomst af græsning og høslet, vil de lysåbne naturtyper, der er tilpasset en ekstensiv drift gennem århundreder, gro til. Den varierede flora og fauna på naturområderne vil som følge deraf forsvinde.
Atmosfærisk kvælstofbelastning har en negativ effekt på kvælstoffølsomme naturområder. Generelt er sjældne planter på naturområderne nøjsomme og kan ikke klare sig i konkurrencen om lys, næring og plads. Et stort indhold af kvælstof, både i luften og jorden, favoriserer få dominerende og hurtigvoksende arter, der er bedre til at udnytte næring end de nøjsomme arter, der er tilpasset næringsfattige forhold. Når de næringskrævende arter dominerer - for eksempel stor nælde eller hundegræs - skygger de for en masse arter, der kun kan vokse frem og sætte frø, hvis der kommer lys til dem. Naturområderne bliver ændret og forarmet.
Mere intensiv dyrkning medfører, at flere marker med de omkringliggende småbiotoper får tilført næringsstoffer som fosfor og kvælstof og giftstoffer fra ukrudts-, insekt- og svampedræbende midler.
Som resultat af jordbrugets intensivering, byernes ekspansion og udbygningen af infrastruktur, brydes naturen op i små enheder. Denne opsplitning af levesteder, fragmentering, forringer planter og dyrs muligheder for at sprede sig og øger risikoen for lokal udryddelse. I takt med at vilde planter forsvinder, forsvinder også de tilknyttede insekter og dermed fødegrundlaget for bl.a. agerhøne, sanglærke og landsvale. Samtidig vil opsplittede små naturområder være udsat for en større negativ randpåvirkning, fordi en stor del af det samlede naturareal ligger i randen til et andet område og vil blive påvirket med f.eks. kvælstof fra marker, overløb fra spildevand eller salt fra veje. Randpåvirkningen mindskes ved store sammenhængende naturområder.
Der er flere eksempler på nedgang i bestanden af fugle i agerlandet. Det gælder bl.a. kirkeuglen, nattergalen, sanglærken, stæren, viben og landsvalen. DOF følger løbende bestandsudviklingen for danske fuglearter, dels via Atlas-tællinger, hvor hele landet systematisk optæller fuglearter, dels via lokale caretaker projekter, hvor specifikke fugle tælles i et lokalt område. Dermed har DOF et rimeligt godt grundlag i forhold til, hvordan fuglebestanden udvikler sig i Danmark. Du kan læse mere om tællingerne på DOF's hjemmeside.
Når landskabet bliver for ensformigt, bliver der mangel på variation i agerlandet. Det medfører indskrænkning af det økologiske rum. Det økologisk rum er et begreb, der bygger på velkendte biologiske sammenhænge. Økologisk rum beskriver levemulighederne for arterne på en systematisk måde.
Udvaskning af for store mængder næringsstoffer, især kvælstof og fosfor har en negativ påvirkning på søer, fjorde og indre farvande. Ålegræsset er forsvundet mange steder, fordi lyset ikke kan trænge ned til bunden og medfører en unaturlig stor opblomstring af plankton i vandsøjlen. Belastningen med næringsstoffer kan også føre til iltsvind på bunden med døde fisk, muslinger og andre bunddyr til følge.
Dræning af agerlandet har været med til at ændre landskabet og naturen. Mange lavninger med vandhuller, moser og enge i ådale er gennem dræning blevet mindre, udtørrede eller helt forsvundet. Udtørring kombineret med højt indhold af næringsstoffer både fra luften og fra udvaskning, ændrer plantesammensætningen i disse naturområder, der med tiden vil gro til i få dominerende arter som f.eks. stor nælde og lodden dueurt.
Regulering af vandløb til kanaler, uddybning af bunden samt grødeskæring skaber vanskelige forhold for vandløbenes plante- og dyreliv. Reguleringen medfører, at vandet hurtigt ledes bort og dermed bliver oversvømmelse af tilstødende enge sjældnere og mange vådområder bliver tørlagt. I forbindelse med tidligere tiders landindvinding af ådale til landbrugsjord, er mange vådområder drænet og gået tabt. En række genopretningsprojekter har i de senere årtier genskabt naturlig hydrologi i nogle af disse områder.