Inden for OSD Fillerup findes der en del større skovarealer, samt i et vist omfang en række mindre skovarealer. Der er i kommuneplanen udpeget skovrejsningsområder i området omkring Sønderskov og Ulvskov indenfor indvindingsoplandet til Ulvskovværket. Der er også skovrejsningsområde mellem Merkær Skov og Lundhof Skov, samt mellem Oldrup Krat og langs Odder Å til Lundhof Skov.
Der ydes tilskud til skovrejsning inden for udpegede skovrejsningsområder og inden for områder, hvor skovrejsning er mulig. Skovrejsning på landbrugsjord er et effektivt tiltag med hensyn til vedvarende grundvandsbeskyttelse, idet der kun i begrænset omfang anvendes pesticider og gødning i skovbruget.
Der er også arealer indenfor OSD og indvindingsoplandene hvor skovrejsning er uønsket, bl.a. pga. landskabelige værdier langs dele af Odder Å.
Der er udpeget §3 beskyttet natur langs vandløbene i området. I den sydlige del af OSD ved Storskov er der en del beskyttet natur, bl.a. Ondrup mose. Spredt i hele OSD er der endvidere mindre søer og vandhuller.