Nitrat er væsentligt i forhold til at vurdere grundvandskvaliteten og grundvandsmagasinets sårbarhed. Er der målt nitrat i grundvandet, kan grundvandsmagasinet karakteriseres som sårbart overfor påvirkninger fra overfladen, hvilket kan betyde at magasinet også kan være sårbart overfor andre stoffer som f.eks. miljøfremmede stoffer.
Nitrat stammer fra gødningen, som spredes på landbrugsarealerne, men der vil også under naturarealer ske en udvaskning af nitrat i forbindelse med nedbrydningen og omsætningen af det organiske stof i jordbunden. Udvaskningen under naturarealer er dog betydeligt mindre end under landbrugsarealer. Hvorvidt den nedsivende nitrat når grundvandsmagasinet, afhænger af jordens evne til at nedbryde og omsætte nitraten.
I Fillerup området er det i forbindelse med statens grundvandskortlægning vurderet at der dels kun er få boringer der indeholder nitrat dels ikke er nogle boringer, hvor indholdet er højt, dvs. over 50 mg/l eller stigende. De boringer der indeholder nitrat er filtersat terrænnært indenfor de øverste 20 meter. I indvindingsoplandene til Balle Vandværk og Torrild Vandværk er der ikke konstateret boringer med nitrat.
Vandtyperne i OSD Fillerup og i indvindingsoplandene til Balle Vandværk og Torrild Vandværk viser primært reducerede til stærkt reducerede forhold i grundvandsmagasinerne, hvilket indikerer velbeskyttet vand.